Lato 1666 roku w Londynie było wyjątkowo upalne. Żar lał się z nieba, zaczynało brakować wody. Drewniane domy, które ciasno jeden obok drugiego wyrastały po obu stronach wąskich uliczek, wyschły na wiór. Podobnie jak liczne szopy, w których trzymano zwierzęta i słomę.
Ostatnimi czasy los nie oszczędzał londyńczyków. Rok temu w kraju wybuchła wielka zaraza, która prawdopodobnie przypłynęła tu statkiem. Zdziesiątkowała wsie i miasteczka. Wystarczy wspomnieć tylko Derbyshire, w którym wymarło ponad trzy czwarte mieszkańców. Śmiertelne żniwo kostucha zebrała także w Londynie, gdzie tygodniowo umierało nawet 7 tys. osób. I choć teraz wydawało się, że zaraza przygasła, to nadal pojawiali się kolejni chorzy.
1 września był zwyczajnym dniem dla Samuela Pepysa. W swoim dzienniku poświęcił mu ledwie kilka zdań. Królewski urzędnik cały ranek spędził w biurze. Po pracy wraz z małżonką i przyjaciółmi wybrał się do teatru, jednak przedstawienie nie przypadło mu specjalnie do gustu. Co innego późniejsza wizyta w gospodzie, gdzie bawił się tak wyśmienicie, że wrócił do domu, śpiewając. Mimo późnej pory, siadł za biurkiem i napisał jeszcze kilka listów. Teraz spokojnie mógł położyć się spać.
Tymczasem w innej części Londynu, piekarz Thomas Farynor, który także pracował dla króla, również kończył pracę. Mężczyzna wyciągnął ostatni bochenek chleba z pieca i przetarł ręką czoło. Wyjrzał przez okno, żeby zaczerpnąć świeżego powietrza. Ulica była pusta, ciszę na Pudding Lane od czasu do czasu przerywało jedynie szczekanie psów. Było przed północą, kiedy piekarz w końcu wdrapał się na górę i położył do łóżka. Sen nie trwał jednak długo. Około pierwszej w nocy Thomasa gwałtownie wyrwał ze snu dym, który przez szparę pod drzwiami powoli wypełniał pokój. Kiedy mężczyzna zbiegł na dół, zobaczył, że całą jego piekarnię trawi ogień. Pożar prawdopodobnie spowodowała iskra z niedokładnie wygaszonego pieca (Farynor bronił się jednak później, że przed pójściem spać, sprawdził, czy piece są wygaszone).
Piekarz razem z żoną i córką rzucili się do ucieczki. Wybawieniem okazało się okno na piętrze, przez który wdrapali się na dach sąsiedniego domu. Niestety, dla ich służącej, skok z takiej wysokości był być może bardziej przerażający niż szalejący na dole ogień. Cierpiała na lęk wysokości i nie chciała ratować się ucieczką na dach. Tak stała się pierwszą ofiarą Wielkiego Pożaru Londynu.
Tymczasem ogień szalał już nie tylko w piekarni. Wiatr błyskawicznie przeniósł płomienie, które w zastraszającym tempie obejmowały kolejne domy przy Pudding Lane. Łuna ognia i dym były widoczne już w innych częściach miasta. Widziała go także służba Samuela Pepysa, która o trzeciej w nocy obudziła mężczyznę, by poinformować o zdarzeniu. Jako że ogień był w oddali, a i pożary nie należały wówczas do rzadkości, to Peypes położył się z powrotem spać. Jakież było jego zdziwienie, kiedy rano okazało się, że pożar nadal szaleje, a nocą strawił 300 budynków, co zanotował w swoim dzienniku.
Rankiem udał się do Tower, gdzie z najwyższego punktu obserwował ogień. Na miejscu dowiedział się, że pożar wybuchł na Pudding Lane w domu królewskiego piekarza, a płomienie strawiły już część Fish Street i kościół św. Magnusa.
W mieście panował chaos. Co prawda Tamiza stanowiła naturalną barierę dla ognia, ale to właśnie tam rozgrywały się dramatyczne sceny. Kiedy płomienie dotarły nad rzekę pożar wybuchł z nową mocą. Przy brzegu stało mnóstwo magazynów, w których przechowywano papier, łój, olej, alkohol i wiele innych łatwopalnych materiałów.
Londyńczycy nie skupiali się nad tym, by walczyć z żywiołem. Uciekali w popłochu, próbując ratować nie tylko swoje życie, ale też część dobytku. Ratunkiem mogła okazać się przeprawa na drugą stronę Tamizy, ale jedyny w mieście most - London Bridge - wcale nie był do tego najlepszą drogą. Stały na nim domy, które pośrodku zostawiały wąską ścieżkę.
Ludzie rzucali się więc do rzeki. Ci, którzy posiadali łodzie, spiesznie ładowali do nich swój towar. Byli też tacy, którzy dorobek swojego życia zakopywali, by uchronić go przed ogniem. Część ludzi swój dobytek znosiła do kościołów. Nie wiedzieli, że płomienie pochłoną większość świątyń w Londynie.
Pożar przez kolejne dni trawił miasto. Pepys w porozumieniu z admirałem marynarki ustalili, że trzeba wyburzyć część domów, które stoją na drodze ognia, by zahamować rozprzestrzenianie się płomieni z budynku na budynek. Początkowo użyto do tego haków, ogień jednak rozprzestrzeniał się dalej, przedzierając do kolejnych części miasta. Trzeciego dnia pożaru zdecydowano, że trzeba użyć szybszego sposobu wyburzania i wykorzystano proch do wysadzania domów.
Wokół Londynu mężczyźni ustawili się na posterunkach, gdzie w grupach po 130 osób walczyli z ogniem przy pomocy wiader z wodą. Pepys odnotował w dzienniku, że widziano, iż pożar pomaga gasić nawet sam król Karol II.
Los powoli zdawał się się odwracać. W nocy z wtorku na środę w końcu ucichł wiatr. W środę, 5 września, udało się częściowo opanować płomienie, chociaż gdzieniegdzie nadal były zarzewia ognia.
W czwartek o świcie pożar ugaszono. Ziemia w mieście była jednak tak gorąca, że przez kilka kolejnych dni nie można było po niej chodzić.
Przyszedł czas na szacowanie strat.
Ogień pochłonął sześć ofiar. Było ich prawdopodobnie znacznie więcej, być może część z nich nie odnotowano, bo ich ciała doszczętnie spłonęły.
Pożar zniszczył dwie trzecie miasta. Spłonęło ponad 13,2 tys. domów, a 100 tys. osób straciło dach nad głową. Żywioł strawił też 87 ze 109 kościołów, w tym katedrę św. Pawła, wybudowaną jeszcze w średniowieczu. Straty oszacowano na 10 mln funtów, podczas gdy roczne dochody miasta wynosiły 12 mln.
Przez kolejny rok ludzie odgruzowywali miasto. Thomas Farynor odbudował swoją piekarnię na Pudding Lane. Zmarł cztery lata po pożarze - w 1670 roku.
Ambitne plany na odbudowę zniszczonego Londynu stworzył sir Christopher Wren. W mieście miały pojawić się szerokie aleje promieniście wychodzące z głównego placu. Plany te zostały jednak odrzucone, częściowo dlatego, że na zmiany nie chcieli się zgodzić właściciele miejsc po zniszczonych w pożarze domach.
Christopher Wren zaprojektował jednak 51 nowych kościołów miejskich, a także katedrę św. Pawła. Budynki użyteczności publicznej, podobnie jak kościoły, były opłacane pieniędzmi z nowego podatku węglowego.
W pierwszych latach po pożarze nie zapomniano także o upamiętnieniu tego tragicznego wydarzenia w dziejach miasta. W latach 1671-1677 zbudowano pomnik. Ma on 62 metry wysokości i znajduje się 62 metry od miejsca, w którym wybuchł pożar.
Pożar przyniósł też kolejną zmianę - powstały pierwsze towarzystwa ubezpieczeniowe, które organizowały brygady pożarnicze. Na budynkach osób, które wykupiły ubezpieczenie, pojawiał się specjalny symbol. W razie pożaru ich mieszkańcy mogli być pewni, że brygada pospieszy z pomocą, by ugasić płomienie. Tak powstał zalążek straży pożarnej w Londynie.
Choć historycy spierają się w tej kwestii, to przyjęło się też, że Wielki Pożar Londynu był zarazem końcem Wielkiej Zarazy. Wraz z częścią miasta zginęła większość szczurów oraz pcheł, które miały roznosić chorobę.